No que concerne ao património natural de Alvaiázere, a biodiversidade é evidente à medida que assistimos ao desdobrar contínuo e ininterrupto da fauna e da flora.

Flora
As várzeas bem irrigadas, a contrastar com as formações calcárias que emergem no território, favorecem uma paisagem diversificada em que são evidentes espécies como o pinheiro, o carvalho-cerquinho, a azinheira, o sobreiro, as oliveiras milenares e as orquídeas selvagens.
Os cheiros marcam também o território através da presença de uma grande diversidade de ervas aromáticas como a alfazema, o alecrim, a erva de Santa Maria e o tomilho, entre outras.

Fauna
A mancha verdejante que cobre as terras alvaiazerenses convida à fixação ou à passagem de várias espécies animais por este território, nomeadamente o tordo, a perdiz vermelha, o coelho, a lebre, o javali, a raposa e uma importante colónia de morcegos-de-peluche, entre outras.